Nella medesima ala si trovano le biblioteche Moreniana e Riccardiana, quest'ultima splendidamente decorata e ricca di manoscritti e libri. Passò in seguito ai Lorena e all'amministrazione provinciale. Oggi è sede della prefettura, oltre a disporre di alcune sale (definite "Museo Mediceo") utilizzate per mostre temporanee.
All'esterno, il Palazzo presenta un rustico bugnato a pianterreno, e bifore centinate ai due piani superiori. Il paramento della facciata, coronata da un cornicione aggettante, è a bugnato come nel pianterreno, a riquadro del primo piano, liscio nel secondo. Le finestre a mensole lungo il lato di Via De Gori furono aggiunte nel 1517, forse, da Michelangelo.
Il cortile a portico corinzio è decorato con stemmi e graffiti: presenta bifore al primo piano e una loggia chiusa. Al primo piano si raggiunge la Cappella dei Magi, emblematico ambiente dell'Umanesimo mediceo, realizzata intorno al 1460 e pervenutaci intatta, salvo la pala d'altare di Filippo Cippi, trasferita a Berlino e sostituita con una copia tardo quattrocentesca. I recenti restauri hanno restituito piena luminosità al ciclo di affreschi con il viaggio dei Magi verso Betlemme, capolavoro di Benozzo Gozzoli.
Facendo riferimento a processioni sontuose ed esotiche svoltesi a Firenze negli anni precedenti, il pittore ha immaginato uno spettacolare corteo fiabesco, inserendo tra i mille dettagli descrittivi i ritratti dei membri della famiglia dei Medici. Il Palazzo fu pressochè terminato nel 1462.
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