La farmacia conserva intatti gli arredi costruiti nel corso del tempo. Il salone di vendita fu trasformato nel 1848 da Domenico Beni, che mantenne la volta gotica della preesistente cappella donata nel 1335 dalla famiglia Acciaiuoli ai frati. Il salone è arredato con scaffali in stile neogotico. Alle pareti gli affreschi di Paolino Sarti celebrano il fasto delle farmacie nel mondo.

La sala prospiciente il giardino, detta Sala Verde, costruita per mettere in comunicazione il nuovo nucleo con quello più antico, conserva l'arredo originale della metà del secolo XVIII, con le pareti coperte in filaticcio di seta, le mensole che reggono urne, gli scaffali, i divani e gli orci a grottesche. Entrando nella Sala Verde, lungo la parete di sinistra, si può osservare un ritratto di Galileo Galilei del secondo decennio del secolo XVII.

La sala della Antica Spezieria, riservata alla vendita dal 1600 al 1848, alla quale un tempo si accedeva dal portone di Matteo Nigetti, conserva i sobri armadi seicenteschi con vetrine e ripiani, il lungo banco di vendita e i decori del soffitto in stucco, con nastri e festoni del tutto simili a quelli eseguiti ad intaglio che sormontano gli scaffali. Nelle vetrine di questa sala sono conservate alcune copie dei termometri ad alto fusto e a spirale dell'Accademia del Cimento, i cui originali si trovano nel Museo di Storia della Scienza.

Le collezioni scientifiche, comprese tra Seicento e primo Novecento, esposte nella sala vendita, nella Sala Verde e nell'Antica Spezieria, comprendono tre nuclei: vasi da farmacia in ceramica (manifatture di Montelupo, Richard Ginori, Chini); vetri da farmacia (bottiglie e vasi di varia manifattura); strumenti scientifici (termometri, mortai, bilance, misurini).

L'Officina Profumo Farmaceutica continua ancora oggi la sua fiorente attività di produzione nella Casa Madre di Firenze, benché siano stati attivati molti altri punti vendita sparsi in tutto il mondo.