Seconda Metà Del XV Secolo con Lorenzo il Magnifico nascono le prime collezioni Seconda Metà Del XV Secolo. Con Lorenzo il Magnifico nascono le prime collezioni.

Nel palazzo di famiglia in Via Larga (oggi Cavour) sotto i primi Medici ed in particolare con Lorenzo il Magnifico si iniziano le collezioni naturalistiche i cui esemplari si trovavano mescolati alle opere d'arte come nelle classiche Wunderkammern. Di quest'epoca si ha una testimonianza certa solo di oggetti da decorazione facenti parte della collezione medicea della sezione di Mineralogia.

Cosimo I, dopo aver costituito a Pisa nel 1543 il primo Orto Botanico del mondo, purtroppo presto demolito, nel 1545 ne fonda un altro (per pochi mesi preceduto da quello di Padova e quindi terzo nel mondo) perché gli studenti fiorentini di medicina dell 'Università di Pisa potessero esercitarsi sulle piante medicinali, i "Semplici", durante le vacanze estive.

Cosimo I, dopo aver costituito a Pisa nel 1543 il primo Orto Botanico del mondo, purtroppo presto demolito, nel 1545 ne fonda un altro (per pochi mesi preceduto da quello di Padova e quindi terzo nel mondo) perché gli studenti fiorentini di medicina dell 'Università di Pisa potessero esercitarsi sulle piante medicinali, i "Semplici", durante le vacanze estive.

L 'esistenza a Firenze di collezioni naturalistiche già cospicue è dimostrata dalla costituzione a Pisa, su ordine del Granduca Ferdinando I, del Museo di Storia Naturale di quella Università, utilizzando un certo numero di esemplari custoditi nei palazzi medicei fiorentini, in particolare agli Uffizi. Fu questo il primo nucleo di una collezione successivamente ampliata per servire gli studenti di quella Università.

Stenone, illustre scienziato danese recentemente beatificato per la sua opera di apostolato nella Germania luterana, fu incaricato da Ferdinando II di riportare a Firenze parte delle collezioni naturalistiche dell 'Università di Pisa. Dall 'unione di questi esemplari con quelli da lui raccolti nelle varie escursioni in Italia, Ungheria e Germania si costituì il primo nucleo organico delle collezioni mineralogiche e paleontologiche.

Giovanni Targioni Tozzetti, medico e direttore dell 'Orto Botanico, conscio dell 'importanza delle collezioni naturalistiche fiorentine conservate nella Galleria degli Uffizi, per incarico del maresciallo Botta Adorno, reggente il Granducato per conto dell 'Imperatore Francesco Stefano di Lorena, fu incaricato della stesura di un "Catalogo delle Produzioni Naturali che si conservano nella Galleria Imperiale di Firenze", premessa della successiva costituzione del Museo.

Il granduca Pietro Leopoldo di Asburgo Lorena costituisce l 'Imperial Regio Museo di Fisica e Storia Naturale riunendo in un palazzo di Via Romana (detta allora della Buca), già dei Torrigiani, le collezioni naturalistiche e gli strumenti scientifici dell 'Accademia del Cimento, già conservati nella Galleria degli Uffizi. Venne chiamato a dirigere il Museo il trentino Felice Fontana, professore a Pisa e fisico di Corte. Nel breve volgere di pochi anni il Museo divenne il più importante centro italiano di ricerca fisica e naturalistica e sede di un 'officina ceroplastica dove si produssero splendide riproduzioni anatomiche in cera, copie delle quali furono spedite in Austria e in Francia.

Il Museo divenne in questa data, con decreto di Maria Luisa Borbone Parma, reggente del regno di Etruria, anche sede di insegnamento a livello universitario sotto il nome di "Liceo di Fisica e Scienze Naturali". Le cattedre istituite furono sei: astronomia, fisica, chimica, mineralogia e zoologia, botanica e anatomia comparata, cui furono preposti illustri scienziati. Il Liceo fu abolito al rientro del Granduca Ferdinando III ma gli insegnamenti ripresero col suo successore ed ultimo Granduca Leopoldo II